ООО «Нефтегазстрой» из Республики Башкортостан прошло выездную налоговую проверку за 2021 год в Межрайонной инспекции ФНС № 29. Проверка завершилась в декабре 2022 года: компании доначислили НДС на 34 703 876 рублей, пени и санкции. Компания решение не оспаривала и исполнила его в полном объёме.
27 мая 2024 года УФНС по Республике Башкортостан назначило повторную выездную проверку — снова за период с 1 января по 31 декабря 2021 года и снова по всем налогам, сборам и страховым взносам. По итогам повторной проверки налоговый орган предъявил претензии уже на 477 758 186 рублей только по НДС и налогу на прибыль.
Компания оспорила само решение о назначении повторной проверки. Аргументов было два. Первый — налоговый период уже проверен и решение по нему исполнено. Второй — сотрудники управления фактически участвовали в первой проверке, координировали её, а значит, УФНС не вправе выступать независимым контролёром нижестоящей инспекции.
Три инстанции — Арбитражный суд Республики Башкортостан, апелляция и Арбитражный суд Уральского округа — поддержали «Нефтегазстрой» и признали назначение повторной проверки незаконным. Верховный суд эти решения отменил.
Судебная коллегия по экономическим спорам сослалась на пункт 10 статьи 89 НК РФ: вышестоящий налоговый орган вправе провести повторную выездную проверку в порядке контроля за деятельностью нижестоящего органа независимо от времени предыдущей проверки. Суд указал, что при такой проверке налоговый орган может заново и в полном объёме исследовать деятельность налогоплательщика за уже проверенный период, повторно изучать те же документы и те же обстоятельства, а по итогам — по-новому определить налоговые обязательства компании, включая новые недоимки и пени.
Верховный суд оговорил ограничение: повторная выездная проверка должна отвечать критериям необходимости, обоснованности и законности и не должна превращаться в неправомерное обременение для налогоплательщика. Однако одного аргумента «нас уже проверяли» для признания повторной проверки незаконной недостаточно.
Отдельно суд разграничил два самостоятельных спора: законность назначения повторной проверки и правомерность конкретных доначислений по её итогам. Верховный суд рассматривал только первый вопрос. Правомерность 477,8 млн рублей в этом деле не проверялась — компания вправе оспорить само решение о доначислениях в отдельном производстве.
Дело рассмотрено по Определению Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного Суда РФ от 18.03.2026 № 309-ЭС25-9697 по делу № А07-18520/2024.
Для компаний, ведущих внешнеэкономическую деятельность, прецедент означает следующее: закрытый налоговый период с уплаченными доначислениями не исключает возврата вышестоящего органа к тем же операциям. Если повторная проверка уже назначена, необходимо анализировать правовое основание, полномочия органа и соблюдение процедуры — а не ограничиваться ссылкой на результаты первой проверки.
Материалы по теме:
- ФНС «склеила» разовые заявки в один контракт и выставила штраф на всю годовую выручку: как не оказаться на месте компании Х — ещё один разбор доначислений ФНС по сделкам компании
- Таможня передаёт в ФНС данные о расхождениях в ЕГРЮЛ за 3 дня — какие данные о ВЭД-сделках попадают в налоговую
- ФНС уточнила позицию по бумажным перевозочным документам: проверки начнутся в конце 2026 — к каким проверкам ФНС готовиться уже в этом году
